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三年前の戦いで防衛軍はまどかを残して壊滅した。だが防衛軍には新たなスタッフが集まり、まどかも心の傷を乗り越えて戦い続けていた。だが新たな防衛軍にも宇宙人の魔の手は迫っていた。それを知らないまどかは、フレアレディに変身して、執拗にフレアタイマーを攻撃する怪獣グランドンと戦う。グランドンを倒した直後でエネルギーを消耗したフレアレディに、防衛隊の科学者に化けていたキリール星人が襲い掛かる。キリール星人は満身創痍のフレアレディのタイマーを破壊し宇宙船に拉致する。そして秘密を調べるためにタイマーに対して残虐な実験をするのだった。生かされて地上に戻されたまどかは、防衛軍の新人隊員の城野真矢が、フレアレディのタイマーを分析したキリール星人によって、悪のフレアレディ、ダークフレアになる力を得たことを知る。キリール星人とダークフレアが地上を破壊に向かったことを知ったまどかは、罠と知りながらフレアレディに変身して戦いに挑むのだが…。